Mycologie houdt zich bezig met de diagnostiek van schimmel- en gistinfecties. Schimmels zijn micro-organismen die een gastheer, bijvoorbeeld mens, dier of plant nodig hebben om te kunnen leven. Op en in het lichaam komen vele schimmels voor, maar deze geven bij gezonde mensen geen klachten. Bij verminderde weerstand kunnen de schimmels zich buitengewoon snel ontwikkelen en veel ongemak veroorzaken. Bijvoorbeeld jeuk, rode irritaties en schilferende plekken.

Schimmelinfecties zijn in 4 groepen verdeeld:
Cutane (huid) mycosis
Schimmelinfecties aan de huid worden onderverdeelt naar de plaats waar ze voorkomen: Hoofd (tinea capitis), lichaam (tinea corporis), been (tinea cruris) en voet (tinea pedis).

Subcutane mycosis
Sporotrichosis is een subcutane of te wel een onderhuidse schimmelinfectie. De verwekker is Sporotrichum schenckii. Dit is een dimorfe schimmel wat betekend dat de schimmel bij verschillende temperaturen een andere verschijningsvorm heeft.

Diepere mycosis
Een voorbeeld van een diepere schimmelinfectie is Histoplasmosis, een longinfectie. De verwekker van Histoplasmosis is Histoplasma capsulatum.

Opportunistische mycosis
Opportunistische mycosen worden vaak veroorzaakt door Candida species of Aspergillus species. Spruw, bij kleine kinderen en vaginitis bij sexueeel actieve vrouwen zijn voorbeelden van candidiasis.
Oorontsteking of longontsteking kunnen het gevolg zijn van een van de 200 soorten van de Aspergillus species.

Lichaamsmaterialen die voor schimmelonderzoek gebruikt kunnen worden zijn: sputa, bronchiaalsecreet, oor/ooguitstrijken, haar, schilfers, nagel, lichaamsvloeistoffen en uitstrijkjes van genitaliën.
De kweekduur varieert van 1 tot 5 weken.
Voor schimmelkweken van haar, nagel, huid en schilfers staat vijf weken. sputa, bronchiaalsecreet, oor/ooguitstrijken hebben een kweekduur van twee weken en genitaliënkweken duren een week.