De afdeling Bacteriologie onderzoekt patiëntenmateriaal zoals faeces, pus, urine, bloed en sputum op het voorkomen van ziekmakende bacteriën. Over het algemeen zal het materiaal geprepareerd worden om het zo onder een lichtmicroscoop te bekijken.
Omdat de preparaten transparant zijn voor wit licht, worden ze eerst gekleurd.
Bacteriën zijn microscopisch kleine eencellige organismen zonder celkern. Meestal zijn ze niet groter dan 1/1000ste millimeter. Het erfelijk materiaal, in de vorm van een cirkel, bevindt zich vrij in het cytoplasma. Dit celvocht wordt bij elkaar gehouden door een membraan waaromheen weer een celwand zit. Bacteriën kunnen allerlei vormen hebben: een bol, een staaf, een spiraal of een komma. Zij vermenigvuldigen zich door celdeling. Microscopisch levert dat herkenbare patronen op:

Het patiëntenmateriaal wordt behandeld met stoffen die de groei van alle bacteriën stimuleren of die bepaalde bacteriegroepen remmen zodat anderen een voorsprong kunnen krijgen in hun groei. De groei van bacteriën neemt tijd. Meestal 1 tot 2 dagen maar het kan veel langer duren. TBC doet er zelfs 8 weken over om te groeien. Als de bacteriën gegroeid zijn kunnen ze vaak al herkend worden op hun uiterlijk. Dit is natuurlijk niet genoeg om ze te determineren. Er zijn biochemische testen om ze van elkaar te onderscheiden. ADC beschikt over een geautomatiseerd systeem om dit te kunnen doen. Voor de meeste micro-organismen neemt het hele onderzoek 3 tot 4 (werk)dagen in beslag.